哈爾濱海參專賣店提醒您海參的內骨骼多不發達，必須用顯微鏡才能看見的許多微小石灰質骨片埋沒於外皮之下，數目一般都很多。觀察骨片應作些處理，最簡單的方法是取一小片皮膚，置於玻片上，然後滴1-2滴次氯酸鈉溶液於皮膚上，1-2分鍾，次氯酸鈉溶液會把皮膚組織腐蝕掉，而剩下骨片，再加1-2滴蒸餾水，蓋上蓋玻片，置於顯微鏡之下便能觀察清楚。海參骨片形狀美麗而多變，是海參分類最重要的依據，常見的骨片有桌形體、扣狀體、杆狀體、穿孔板、花紋樣體、輪形體和錨形體等。海參骨片數量很多，有人計算過1個醜海參（Holothuriaimpatiens）有約2000萬個骨片。

海參咽部圍繞一環鈣質骨板，稱為石灰環，由10塊骨板組成，5個輻位的骨板，稱輻片，5個間輻位的骨板，稱間輻片。石灰環是海參特有的器官，它可能和海膽的亞裏士多德提燈（Aristotle's lantern）同源。石灰環形態在海參分類上也很重要。

消化道發達，開始於口，經過食道到腸管，腸管在體腔中作3次彎曲，先下降，再上升，再下降，後端膨大，形成泄殖腔，最後開口於肛門。腸管靠腸係膜附著於體壁上，泄殖腔富有肌肉，能膨脹和收縮。

體腔中有1個或兩個中空的樹枝狀器官，後端會合於泄殖腔，稱呼吸樹或水肺，是海參的呼吸器官，靠泄殖腔的膨脹和收縮，水可以出入呼吸樹而行呼吸作用。泄殖腔附近有許多細長的白色或淡紅色的盲管，開口於呼吸樹的基部，或者直接開口於泄殖腔，稱居維氏器管，是海參的防禦器官。但是並不是所有海參都有呼吸樹和居維氏器官。

水管係統是棘皮動物特有的器官，其基本排列是：圍繞食道有環水管，環具有石管和波裏氏囊，並向各輻部分出5個輻水管，向前有分枝通至觸手。輻水管有分枝通至管足，靠水的流入和流出，幫助海參運動。海參類的篩板多開口於體腔之內。

海參的神經係統和血係統基本上按水管係統排列。但是盾手目海參的血管係統特別發達，有非常複雜的血管叢，稱為異網（retemirabile），和背血竇相連。

海參的體壁含有較厚的結締組織，食用部分主要也是體壁部分。肌肉係統隻是體壁上的5條或5對縱肌和環肌，才是真正的肌肉。